从事货物运输的代开票纳税人，缴纳营业税3%，城建税0.21%（3%*7%），教育费附加0.09%（3%*3%），个人所得税3.3%（现在已经改为2.5%）合计6.6%（现在改为5.8%）。这是从事货物运输业务代开票纳税人缴纳税款的综合税率。
而取得货物运输发票的增值税一般纳税人，货物运输费用的扣除率为7%是根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第（四）项规定的，本条规定：购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=运输费用金额×扣除率
因此，对于一般纳税人的运输费用按照7%的扣除率计算的进项税额 。
根据国税函[2009]617号文件精神(国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知), 增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，必须自开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。增值税一般纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，必须自开具之日起90日内到税务机关办理认证。
具体计算方法：
运费的税率7%，设应付运费100元。前提条件，一般纳税人
分录，借：库存商品（原材料等） 93
应交税金（应交税费）---应交增值税（进项税额）7=100*7%
贷：应付账款---**公司 100 |
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